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Arnaud Ferré
Arnaud Ferré
Université Paris-Saclay
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Title
Cited by
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Year
Overview of the bacteria biotope task at bionlp shared task 2016
L Deléger, R Bossy, E Chaix, M Ba, A Ferré, P Bessieres, C Nédellec
Proceedings of the 4th BioNLP shared task workshop, 12-22, 2016
1082016
C-Norm: a neural approach to few-shot entity normalization
A Ferré, L Deléger, R Bossy, P Zweigenbaum, C Nédellec
BMC Bioinformatics 21, 2020
172020
Combining rule-based and embedding-based approaches to normalize textual entities with an ontology
A Ferré, L Deléger, P Zweigenbaum, C Nédellec
Proceedings of the Eleventh International Conference on Language Resources …, 2018
172018
Representation of complex terms in a vector space structured by an ontology for a normalization task
A Ferré, P Zweigenbaum, C Nédellec
BioNLP 2017, 99-106, 2017
162017
The bacterial interlocked process ONtology (BiPON): a systemic multi-scale unified representation of biological processes in prokaryotes
VJ Henry, A Goelzer, A Ferré, S Fischer, M Dinh, V Loux, C Froidevaux, ...
Journal of biomedical semantics 8, 1-16, 2017
72017
Improving the CONTES method for normalizing biomedical text entities with concepts from an ontology with (almost) no training data
A Ferré, M Ba, R Bossy
Genomics & informatics 17 (2), 2019
62019
Meet-U: educating through research immersion
N Abdollahi, A Albani, E Anthony, A Baud, M Cardon, R Clerc, ...
PLoS computational biology 14 (3), e1005992, 2018
62018
Proceedings of the 4th BioNLP Shared Task Workshop
L Deléger, R Bossy, E Chaix, M Ba, A Ferré, P Bessieres, C Nédellec
62016
Handling entity normalization with no annotated corpus: weakly supervised methods based on distributional representation and ontological information
A Ferré, R Bossy, M Ba, L Deleger, T Lavergne, P Zweigenbaum, ...
Proceedings of the Twelfth Language Resources and Evaluation Conference …, 2020
52020
Florilege: a database gathering microbial phenotypes of food interest
H Falentin, E Chaix, B Dridi, P Bessieres, S Buchin, SM Deutsch, ...
4th International Conference on Microbial Diversity 2017, np, 2017
42017
Représentation de termes complexes dans un espace vectoriel relié à une ontologie pour une tâche de catégorisation
A Ferré
Rencontres des Jeunes Chercheurs en Intelligence Artificielle (RJCIA 2017), 2017
42017
Could keyword masking strategy improve language model?
M Borovikova, A Ferré, R Bossy, M Roche, C Nédellec
International Conference on Applications of Natural Language to Information …, 2023
32023
OntoBiotope: une ontologie pour croiser les habitats microbiens avec les analyses de génomes.
R Bossy, E Chaix, L Deleger, A Ferré, M Ba, P Bessières, C Nédellec
Les journées Bioinformatique de l'INRA, 1, 2016
32016
An analysis of entity normalization evaluation biases in specialized domains
A Ferré, P Langlais
BMC Bioinformatics, 2023
22023
Représentations vectorielles et apprentissage automatique pour l’alignement d’entités textuelles et de concepts d’ontologie : application à la biologie
A Ferré
Université Paris-Saclay, 2019
22019
The smell of us–crowdsourcing human body odor evaluation
M Benony, M Cardon, A Ferré, J Coquet, N Foulquier, F Thonier, ...
Human Computation 3 (1), 161-179, 2016
22016
Représentation systémique multi-échelle des processus biologiques de la bactérie
VJ Henry, A Ferré, C Froidevaux, A Goelzer, VV Fromion, ...
IC2016-Ingénierie des Connaissances, 2016
22016
Relier automatiquement des entités textuelles à des concepts d’une ontologie par apprentissage avec (presque) aucune donnée
A Ferré, M Ba, R Bossy, T Lavergne, L Deléger, P Zweigenbaum, ...
5ième édition atelier IN-OVIVE, 2019
12019
Semantically-Informed Domain Adaptation for Named Entity Recognition
M Borovikova, A Ferré, R Bossy, M Roche, C Nédellec
International Symposium on Methodologies for Intelligent Systems, 55-64, 2024
2024
Combining String-based and Embeddings-based Methods for Medical Concept Normalization: LIMSI-CEA-INRA@ n2c2 2019
M Ba, R Bossy, P Brunet, L Deleger, H El Boukkouri, O Ferret, A Ferré, ...
2019 n2c2/OHNLP Shared-Task and Workshop, 2019
2019
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Articles 1–20